На раскопках у одного из древнейших в РФ православных храмов археологи нашли уникальные фрагменты фресок 12 века, а также костяную печать 15 века. Согласно вырезанной на ней надписи, печать принадлежала новгородскому боярину Ларивону Онуфриеву (Онуфриевичу), ранее не известному по летописным источникам.
У Никольского собора была также найдена товарная пломба 15 века с изображением святого Олафа. Такими пломбами в Средневековье скрепляли тюки с тканями, которые европейские купцы привозили в Древнюю Русь.
Археологи работали и под водой. В 2007 году проводились подводные археологические раскопки на реке Волхов в рамках проекта "Тайны затонувших кораблей". При исследовании дна реки водолазы обнаружили около 40 затонувших судов. Эксперты предполагают, что одно из них относится ко временам Ивана Грозного (16 век). Еще одно судно, по мнению ученых, затонуло в средине 17 века.
В Кремле нашли загадочную шахту. При реставрации Грановитой (Владычной) палаты в Новгородском кремле ученые, предположительно, обнаружили местонахождение одних из самых древних на Руси курантов.
В одной из стен Владычной палаты, построенной в 15 веке, архитекторы-реставраторы обнаружили вертикальную шахту, внутристенный ход и другие устройства, которые, по их гипотезе, могли предназначаться для гиревого механизма механических часов и его обслуживания. По предположению ученых, механизм был связан с установленными на палате колоколами, которые ежечасно отбивали время. Наличие курантов на Владычной палате подтвердили летописные источники.
Новгородские реставраторы восстановили из множества обломков разрушенную в годы войны Ктиторскую фресковую композицию из храма Спаса Преображения на Нередице. Летом 2008 года предполагается вернуть эту композицию на ее прежнее место в церкви 12 века.
Кроме этого, ученые восстановили значительную часть разрушенных в войну фресок из храма Успения Богоматери на Волотовом поле. По прогнозам реставраторов, им, возможно, удастся спасти от 50 до 80% довоенной площади монументальной живописи 14 века.
Ученым удалось установить, кто изображен на миниатюре кисти европейского художника Николая Шпревича, хранящейся в Новгородском госмузее-заповеднике. Ряд доказательств подтвердили их гипотезу, что на портрете 19 века изображен митрополит Московский Филарет, помазавший на царствие императора Александра Второго и венчавший Александра Пушкина.
В рамках реализации беспрецедентного проекта по переводу текстов берестяных грамот на английский язык лингвисты в 2007 году перевели значительную часть "посланий из прошлого". Впоследствии эти переводы предполагается разместить на уже созданном сайте www.gramoty.ru.
Не обошлось и без курьезов. На монументе "Тысячелетие России" в Новгородском кремле работы Михаила Микешина над фигурами российских просветителей была обнаружена отлитая в 19 веке в бронзе нецензурная надпись. По словам ученых, эта надпись 145-летней давности останется на главном новгородском монументе навсегда.
Ограда возле памятника не позволяет подойти к нему на близкое расстояние, а надпись имеет настолько небольшие размеры, что, даже зная место ее расположения, разглядеть ее без бинокля крайне сложно.